| 刊行年 | 作品名 |
| 1985年 | 『放課後』第31回江戸川乱歩賞受賞、デビュー。 |
| 1986年 | 『卒業』 |
| 『白馬山荘殺人事件』 | |
| 1987年 | 『学生街の殺人』 |
| 『11文字の殺人』 | |
| 1988年 | 『魔球』 |
| 『ウインクで乾杯』（『香子の夢—コンパニオン殺人事件』より改題） | |
| 『浪花少年探偵団』 | |
| 1989年 | 『十字屋敷のピエロ』 |
| 『眠りの森』 | |
| 『鳥人計画』 | |
| 『殺人現場は雲の上』 | |
| 『ブルータスの心臓』 | |
| 1990年 | 『探偵倶楽部』（『依頼人の娘』より改題） |
| 『宿命』 | |
| 『犯人のいない殺人の夜』 | |
| 『仮面山荘殺人事件』 | |
| 1991年 | 『変身』 |
| 『回廊亭殺人事件』（『回廊亭の殺人』より改題） | |
| 『天使の耳』（『交通警察の夜』より改題） | |
| 1992年 | 『ある閉ざされた雪の山荘で』 |
| 『美しき凶器』 | |
| 1993年 | 『同級生』 |
| 『分身』 | |
| 『しのぶセンセにサヨナラ』（『浪花少年探偵団〈2〉』より改題） | |
| 1994年 | 『怪しい人びと』 |
| 『むかし僕が死んだ家』 | |
| 『虹を操る少年』 | |
| 1995 年 | 『パラレルワールド・ラブストーリー』 |
| 『あの頃ぼくらはアホでした』 | |
| 『怪笑小説』 | |
| 『天空の蜂』 | |
| 1996 年 | 『名探偵の掟』 |
| 『どちらかが彼女を殺した』 | |
| 『毒笑小説』 | |
| 『悪意』 | |
| 『名探偵の呪縛』 | |
| 1998年 | 『探偵ガリレオ』 |
| 『秘密』（第52回日本推理作家協会賞〈長編部門〉受賞作） | |
| 1999年 | 『私が彼を殺した』 |
| 『白夜行』 | |
| 2000年 | 『嘘をもうひとつだけ』 |
| 『予知夢』 | |
| 2001年 | 『片想い』 |
| 『超・殺人事件』（『超・殺人事件—推理作家の苦悩』より改題） | |
| 『サンタのおばさん』※ | |
| 2002年 | 『レイクサイド』 |
| 『時生』（『トキオ』より改題） | |
| 『ゲームの名は誘拐』 | |
| 2003年 | 『手紙』 |
| 『おれは非情勤』 | |
| 『殺人の門』 | |
| 2004年 | 『幻夜』 |
| 『ちゃれんじ？』 | |
| 『さまよう刃』 | |
| 2005年 | 『黒笑小説』 |
| 『容疑者Xの献身』（第134回直木三十五賞、第6回本格ミステリ大賞〈小説部門〉受賞作、エドガー賞長編賞候補作） | |
| 『さいえんす？』 | |
| 2006年 | 『夢はトリノをかけめぐる』 |
| 『赤い指』 | |
| 『使命と魂のリミット』 | |
| 2007年 | 『たぶん最後の御挨拶』 |
| 『夜明けの街で』 | |
| 『ダイイング・アイ』 | |
| 2008年 | 『流星の絆』（第43回新風賞受賞作） |
| 『聖女の救済』 | |
| 『ガリレオの苦悩』 | |
| 2009年 | 『パラドックス13』 |
| 『新参者』（2019年CWAインターナショナル・ダガー賞最終候補作） | |
| 2010年 | 『カッコウの卵は誰のもの』 |
| 『プラチナデータ』 | |
| 『白銀ジャック』 | |
| 2011年 | 『あの頃の誰か』 |
| 『麒麟の翼』 | |
| 『真夏の方程式』 | |
| 『マスカレード・ホテル』 | |
| 2012年 | 『歪笑小説』 |
| 『ナミヤ雑貨店の奇蹟』（第7回中央公論文芸賞受賞作） | |
| 『虚像の道化師』 | |
| 2013年 | 『夢幻花』（第26回柴田錬三郎賞受賞作） |
| 『祈りの幕が下りる時』（第48回吉川英治文学賞受賞作） | |
| 『疾風ロンド』 | |
| 2014年 | 『虚ろな十字架』 |
| 『マスカレード・イブ』 | |
| 2015年 | 『ラプラスの魔女』 |
| 『禁断の魔術』 | |
| 『人魚の眠る家』 | |
| 2016年 | 『危険なビーナス』 |
| 『恋のゴンドラ』 | |
| 『雪煙チェイス』 | |
| 2017年 | 『素敵な日本人』 |
| 『マスカレード・ナイト』 | |
| 2018年 | 『魔力の胎動』 |
| 『沈黙のパレード』 | |
| 2019年 | 『希望の糸』 |
| 2020年 | 『クスノキの番人』 |
| 『ブラック・ショーマンと名もなき町の殺人』 | |
| 2021年 | 『白鳥とコウモリ』 |
| 『透明な螺旋』 | |
| 2022年 | 『マスカレード・ゲーム』 |
| 2023年 | 『魔女と過ごした七日間』 |
| 『あなたが誰かを殺した』 | |
| 2024年 | 『ブラック・ショーマンと覚醒する女たち』 |
| 『クスノキの女神』 | |
| 『架空犯』 | |
| 2025年 | 『少年とクスノキ』※ |
| 『マスカレード・ライフ』 | |
| 2026年 | 『永遠の記憶』 |
※著作一覧には記載しましたが、共著である『サンタのおばさん』と『少年とクスノキ』は著作106冊には入っていません
※オーディブルオリジナル作品「誰かが私を殺した」は著作一覧には記載していません
